Dalam melakukan desain bangunan CSSD maka terdapat dua hal yang diperhatikan. Yang pertama adalah ketersediaan lima bagian bangunan CSSD seperti artikel terdahulu. Dan yang kedua yaitu alur barang yang satu arah, disebut dengan istilah One way flow.
Dalam alur barang one way flow maka gerak barang akan searah sehingga tidak ada arus balik. Gerak barang akan dimulai dari area dekontaminasi berlanjut ke area pengemasan, area sterilisasi, area penyimpanan, dan area distribusi secara teratur secara searah. Tidak ada alur barang dari area sterilisasi kembali ke area dekontaminasi kemudian ke area penyimpanan dan distribusi. Alur tersebut menyalahi kaidah one way flow.
One Way Flow akan mengurangi resiko kontaminasi terhadap barang yang sudah disterilkan. Barang kotor yang berada di area steril dapat mengkontaminasi barang steril meskipun barang steril berada dalam kemasan. Barang steril yang terkontaminasi akan sangat berbahaya bagi pasien yang menggunakan barang tersebut. Resiko infeksi nosokomial akan meningkat termasuk di dalamnya adalah infeksi luka operasi.
Dalam membentuk bangunan CSSD yang memenuhi kaidah one way flow maka perlu dilakukan penyekatan antar ruang. Terdapat sekat antara ruang dekontaminasi dengan ruang pengemasan dan sterilisasi serta antara ruang pengemasan dan sterilisasi dengan ruang penyimpanan. Sekat antara ruang tersebut akan membatasi pergerakan barang dan personel. Sementara itu aliran udara di tiap ruang juga tidak akan tercampur dengan bantuan ventilasi dan sistem pengaturan udara yang baik.
Sekat antar ruang tidak hanya menghalangi pergerakan barang dan personel. Bila hanya menghalangi pergerakan barang dan personel maka penggunaan partisi multiplek dapat digunakan. Namun pada desain one way flow CSSD tetap memperhitungkan sistem keselamatan. Penggunaan partisi yang menghalangi pandangan antar ruang dapat mengurangi sistem deteksi bila terjadi bencana kebakaran. Partisi yang tertutup pada umumnya juga membuat pekerja terutama pekerja wanita merasa tidak nyaman karena suasana yang sunyi. Sehingga disarankan untuk menggunakan partisi yang tetap memungkinkan antar ruang tetap terlihat. Penggunaan multiplek pada bagian bawah partisi dan kaca pada bagian atas disarankan untuk partisi ini. Sehingga partisi dapat memberikan penyekatan yang baik dan tetap menjamin keamanan dan kenyamanan pekerja.
Bila alur barang telah dibatasi dengan partisi antar ruang dan dapat berpindah ruang apabila telah, bagaimana dengan perpindahan personel? Apakah tiap ruangan harus memiliki personel khusus. Keterbatasan SDM menjadi masalah klasik di semua rumah sakit. Termasuk di CSSD dimana kekurangan SDM menjadi masalah yang belum terpecahkan. Sehingga setiap personel CSSD perlu bekerja pada dua ruangan yang berbeda. Perpindahan personel antar ruang dapat pula menyebabkan kontaminasi pada barang yang telah disterilkan. Terdapat prsedur yang perlu dilakukan mengenai perpindahan personel antar ruang.
Personel yang berpindah antar ruang wajib melewati area transfer antar ruang. Pada area transfer terdapat fasilitas untuk berganti baju dan cuci tangan. Baju untuk tiap area adalah spesifik dan harus digunakan secara tepat. Cuci tangan wajib dilakukan setiap personel. Cuci tangan dapat dilakukan menggunakan air dan sabun maupun menggunakan cairan berbasis alkohol. Alas kaki personel juga harus berganti untuk menghindari kotoran yang terbawa dari tiap area.
